കന്യാകുമാരി ജില്ലയിലെ നാഗര്‍ കോവിലിനടുത്ത് സ്വമിത്തോപ്പില്‍ പൊന്നുനാടാരുടെയും വെയിലാളുടെയും മകനായി 1809-ല്‍ വൈകുണ്ഠ സ്വാമികള്‍ ജനിച്ചു.
ആദ്യം മുടിചൂടും പെരുമാള്‍ എന്ന് പേരിട്ടെങ്കിലും ഉയര്‍ന്ന ജാതിക്കാരുടെ എതിര്‍പ്പ് കാരണം മുത്തുക്കുട്ടി എന്ന് മാറ്റേണ്ടി വന്നു. ഉയര്‍ന്ന ജാതിക്കാര്‍ മാത്രമേ പെരുമാള്‍ എന്ന പദം പേരില്‍ ഉപയോഗിക്കൂ എന്ന വഴക്കം മൂലമാണ് പേര് മാറ്റേണ്ടി വന്നത്.
അവര്‍ണരുടെ അവശതകള്‍ക്കും രാജഭരണത്തിന്‍റെ പോരായ്മകള്‍ക്കും എതിരായി പോരാടിയ അദ്ദേഹം 1836-ല്‍ സമത്വസമാജം സ്ഥാപിച്ചു. കേരളത്തിലെ ആദ്യത്തെ സാമുഹിക സംഘടനയാവാം ഇത്.
മേല്‍മുണ്ട്‌ സമരത്തില്‍ പ്രചോദനം നല്‍കിയ പ്രധാനികളില്‍ ഒരാളായിരുന്നു വൈകുണ്ഠ സ്വാമികള്‍ .
താഴ്ന്ന ജാതിക്കാര്‍ മേല്‍മുണ്ട്‌ ധരിക്കുന്നത് വിലക്കിയിരുന്ന ഭരണകൂടത്തിനെതിരെ വൈകുണ്ഠ സ്വാമികള്‍ സമരത്തിനിറങ്ങി . മേല്‍മുണ്ട്‌ ധരിക്കാന്‍ ജന്മസിദ്ധമായ അവകാശം എല്ലാവര്‍ക്കുമുണ്ടെന്ന് അദ്ദേഹം പ്രഖ്യാപിച്ചു.
പൊതു കിണറുകളില്‍ നിന്ന് വെള്ളമെടുക്കാന്‍ താഴ്ന ജാതിക്കാര്‍ക്ക് അവകാശം ഇല്ലാതിരുന്നതിനെയും വൈകുണ്ഠ സ്വാമി ചോദ്യം ചെയ്തു. ആ അനീതിയെ നേരിടാന്‍, എല്ലാ ജാതിക്കാര്‍ക്കും ഒരുപോലെ ഉപയോഗിക്കാവുന്ന കിണറുകള്‍ കുഴിക്കാന്‍ നേതൃത്വം നല്‍കി.
ഇദേഹം കുഴിച്ച സ്വമിത്തോപ്പിലെ വൈകുണ്ഠ സ്വാമിക്ഷേത്രത്തിനു സമീപമുള്ള കിണര്‍ ‘മുന്തിര കിണര്‍’, ‘സ്വാമി കിണര്‍’ എന്നീ പേരുകളില്‍ പ്രസിദ്ധമാണ് .
ബ്രിട്ടീഷ്‌ ഭരണത്തെ വെണ്‍നീചന്‍ എന്നും തിരുവിതംകൂര്‌ ഭരണത്തെ അനന്തപുരത്തെ നീചന്‍ എന്നും വിളിച്ചത് വൈകുണ്ഠ സ്വാമികള്‍ ആണ്.
1837-ല്‍ സ്വാതി തിരുനാള്‍ മഹാരാജാവിന്റെ ഭരണകാലത്ത് വൈകുണ്ഠ സ്വാമികളെ അറസ്റ്റു ചെയ്ത് തിരുവനന്തപുരത്തെ ശിങ്കാരിത്തോപ്പ് ജയിലില്‍ പാര്‍പ്പിച്ചു.
1838 മാര്‍ച്ച് ആദ്യ വാരത്തില്‍ അദ്ദേഹം ജയില്‍ മോചിതനായി. “ജാതി ഒന്ന്, മതം ഒന്ന്, കുലം ഒന്ന്, ദൈവം ഒന്ന്” എന്ന സന്ദേശം നല്‍കി.
അവര്‍ണ വിഭാഗങ്ങളെ ഒരുമിപ്പിച്ചുകൊണ്ട്‌ ക്ഷേത്ര പ്രവേശനത്തിന് വേണ്ടി വൈകുണ്ഠ സ്വാമികള്‍ നടത്തിയ സമരമാണ് അയിത്തോച്ചാടന പ്രക്ഷോഭത്തിന് തുടക്കം കുറിച്ചത്.
ദക്ഷിണേന്ത്യയില്‍ ആദ്യമായി കണ്ണാടി പ്രതിഷ്ഠ നടത്തിയത് വൈകുണ്ഠ സ്വാമിയാണ്.
നിഴല്‍താങ്കല് എന്നറിയപ്പെടുന്ന ആരാധനാലയങ്ങള്‍ അദ്ദേഹം സ്ഥാപിച്ചു.അയ്യാവഴി എന്ന ചിന്താ പദ്ധതി അദേഹം വികസിപ്പിച്ചു.
പ്രധാന കൃതികള്‍
- അഖിലിത്തിരട്ട്
- അരുള്‍ നൂല്‍
1851 ജൂണ്‍ 3 നു അയ്യാ വൈകുണ്ഠ സ്വാമികല്‍ ഇഹലോക വാസം വെടിഞ്ഞു.